台灣公司營業稅之比例扣抵法與直接扣抵法比較
台灣公司除了本身業務外，如果兼營投資業務要特別留意。公司除經營本業外，如從事投資取得被投資公司分配的股利收入，即成為兼營營業人。兼營投資業務的營業人所取得的股利收入，應依台灣稅法規定，匯總併入當年度最後一期(即11月及12月營業稅申報，期限為來年1月15日止)營業稅的免稅銷售額範圍，包含投資台灣、境外有價證券獲配的現金股利、以及未分配盈餘轉增資的股票股利，並以股利淨額申報。
常見的錯誤即是，第一、台灣公司在年度中取得的股利收入(不論境內外公司所分配)，未列入當年度最後一期營業稅的免稅銷售額申報；第二、未依台灣稅法規定計算當年度不得扣抵比例調整稅額。
在計算抵稅比例時，兼營營業人可選擇「比例扣抵法」或「直接扣抵法」兩種擇一，不過採用直接扣抵法後，未來三年內都要維持此模式，不能自行變更。
「比例扣抵法」或「直接扣抵法」的差異如下：
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比例扣抵法
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直接扣抵法
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適合對象
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無法明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者(無法分辨用於應稅或免稅項目上) 。
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1.公司所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途大多為可明確歸屬於應稅銷售項目者。
2.非以投資為專業之公司（即未設置投資部門），主要營業項目產生多為應稅銷售額，但每年獲配轉投資事業之股利收入金額大者。
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優點
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計算簡單、免經會計師簽證，程序成本較低。
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經由歸類各種成本之用途，能更精準的辨別成本系應稅、免稅或零稅率之適用，進而避免使用比率扣抵法時，造成某些成本被歸類錯誤而多繳稅。
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缺點
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當公司獲配轉投資事業之的股利收人金額較大且可直接歸屬的進項稅額又較少時，采此法會侵蝕到應稅銷售額原可扣抵的進項稅額。
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1.憑證與賬簿管理的成本較高。
2.符合法定情形於調整報繳當年度最後一期之營業稅應經會計師查核簽證，作業成本較高。
3.一經選用三年內不得變更。
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限制
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無特別限制。
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1.當公司符合下列情形之一，於調整報繳當年度最後一期之營業稅，應經會計師或稅務代理人查核簽證：
(1)經營製造業
(2)當年度銷售額合計逾新台幣10億元
(3)當年度申報扣抵進項稅額合計逾新台幣2,000萬元。
2.應將購買貨物、勞務或進口貨物、購買境外之勞務之用途區分為以下三種：專供應稅（含零稅率）營業用、專供免稅營業用、應稅及免稅營業共同使用，並於賬簿上明確記載。
3. 一經選用三年內不得變更。
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舉例，兼營投資業務的A公司在2021年間取得股利收入台幣(以下同)1,896萬元，未依規定申報當年度最後一期免稅銷售額，也未依規定計算當年度不得扣抵比例調整稅額，並同繳納，經稅局查獲逃漏營業稅額82.9萬元，並按所漏稅額處0.5倍罰款。A公司之後雖然自行補申報2021年11月至12月免稅銷售額1,896萬元並繳納稅額，不過系在國稅局進行調查之後發現，A公司未符合《稅捐稽徵法》第48條之1自動補報補繳情形，因此仍處罰A公司。
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